新建维吾尔自治区儿童医院始建于1984 年，前身为新疆交通医院、自治区人民医院北院。党中央、国务院立足国家“一带一路”发展战略布局，将自治区儿童医院纳入第一批国家区域医疗中心建设 “10+1”试点项目。2019年12月，自治区人民政府与首都医科大学附属北京儿童医院签订合作协议，正式确定北京儿童医院托管自治区儿童医院,开展为期10年的帮扶工作，建设国家儿童区域医疗中心。经过几年的发展，医院已成功转型为一所集医、教、研、预防、保健等为一体的三级儿童专科医院。目前，医院开放床位 539 张，年门诊诊疗人数20 万余人次，出院病人1.3万余人。